در سال 1980 مرتون و مورتون با موفقیت از تحریک الکتریکی transcranial (TES) برای تحریک قشر مغز استفاده کردند. با این حال ، این روند بسیار ناراحت کننده بود ، و متعاقبا آنتونی تی. بارکر شروع به جستجوی جایگزینی برای روش تحریک الکتریکی مغز TES کرد وی شروع به کاوش در استفاده از میادین مغناطیسی برای تغییر سیگنال الکتریکی در مغز کرد و اولین دستگاههای TMS پایدار در سال 1985 اختراع گردیداین
روش در ابتدا به عنوان وسایل تحقیقاتی مورد ارزیابی قرار گرفتند ولی ارزیابی از پتانسیل درمانی این دستگاه بعداً توسعه یافته است) FDA سازمان غذا و داروی ایالات متحده برای اولین بار دستگاه های TMS را در اکتبر 2008 ابتدا در درمان بیماری افسردگی و سپس در درمان وسواس و پانیک و اختلال استرس بعد از حادثه و میگرن مورد تایید قرار داد.
